down = toward or in a lower place or position, especially to or on the ground or another surface.

Меня интересует, как это можно связать с New York air conditioned drains.

здесь имеется ввиду [по направлению вниз, к] кондиционированному водостоку Нью Йорка

Air-drain - траншея вдоль фундамента дома

В русском яз не указывается направление. У нас это не принципиально важно. В анг down еще означает направление на юг.

Дмитрий, но ведь это две разных строки в куплете, почему вы их объединили в одну?

drain - водосток или канализация

Тогда уж надо было для контекста приводить весь куплет и в той форме, в которой он существует изначально:
And it rained all night and washed the filth away
Down New York airconditioned drains
The click click clack of the heavy black trains
A million engines in neutral

Ольга, так в чём же точный смысл второй строки?

И всю ночь лил дождь и он смыл всю гадость
Вниз (не смыл все вниз, а имеется в виду, что дождь спускался вниз по трубам) по Нью-Йоркским водостокам.
Клик-клик-клак тяжелых чёрных поездов
Миллион двигателей на "нейтралке".

Спасибо. Теперь всё ясно, дальше я знаю :)

Да не за что :)