If I had only known... По-моему, это о прошлом.

Это по-любому о прошлом.
А время зависит от контекста.
https://books.google.com/ngrams/graph?content=if+I+only+knew%2C+if+I+had+only+known&year_start=1990&year_end=2008&corpus=15&smoothing=3&share=&direct_url=t1%3B%2Cif%20I%20only%20knew%3B%2Cc0%3B.t1%3B%2Cif%20I%20had%20only%20known%3B%2Cc0

Не знаю, зачем сравнивать настоящее с прошлым. Я как раз считаю, что здесь прошедшее без всякого контекста.

If I only knew - это тоже прошедшее время

Это Conditional 1, а он относится только к настоящему и будущему времени.

Не первое.
Получается, 3-е, тогда if I had known.
Но много примеров с If I only knew в том же значении. Я что-то запуталась...

Да, Conditional 2. Я с цифрами ошиблась.
If I know - будущее
If I knew - настоящее (в учебниках говорится «и будущее»)
If I had known - прошедшее.
Но я имела в виду то, что «если бы я ТОЛЬКО ЗНАЛА, я бы... » в большинстве случаев относится к прошедшему времени.

По правилам - если Conditional 2, то это маловероятное или нереальное будущее.
А здесь, похоже, это Conditional 3 - нереальное прошлое.
Тогда действительно If I only had known.
Но примеров много с If I only knew.